输入数据需要包含哪些特定列？或者说需要列名保证一种统一格式吗？

[ymy4984]

我输入的表格如上，但是运行之后，显示：
==================================================
[1] "一共有0个SNP成功匹配EAF,占比0%"
[1] "一共有0个SNP是major allele，EAF被计算为1-MAF,在成功匹配数目中占比NaN%"
[1] "一共有604个SNP在1000G中找不到，占比100%"
[1] "一共有0个SNP在输入数据与1000G中效应列与参照列，将剔除eaf，占比0%"
[1] "输出数据中的type列说明："
[1] "raw：EAF直接等于1000G里的MAF数值，因为效应列是minor allele"
[1] "corrected：EAF等于1000G中1-MAF，因为效应列是major allele"
[1] "error：输入数据与1000G里面提供的数据完全不一致，比如这个SNP输入的效应列是C，参照列是G，但是1000G提供的是A-T，这种情况下，EAF会被清空（NA），当成匹配失败"

[HaobinZhou]

需要提供运行get_eaf_from_1000G的代码，才能发现问题所在

…

---- 回复的原邮件 ---- | 发件人 | ***@***.***> | | 日期 | 2023年11月19日 14:19 | | 收件人 | ***@***.***> | | 抄送至 | ***@***.***> | | 主题 | [HaobinZhou/Get_MR] 输入数据需要包含哪些特定列？或者说需要列名保证一种统一格式吗？ (Issue #3) | | 我输入的表格如上，但是运行之后，显示： | | ================================================== | | [1] "一共有0个SNP成功匹配EAF,占比0%" | | [1] "一共有0个SNP是major allele，EAF被计算为1-MAF,在成功匹配数目中占比NaN%" | | [1] "一共有604个SNP在1000G中找不到，占比100%" | | [1] "一共有0个SNP在输入数据与1000G中效应列与参照列，将剔除eaf，占比0%" | | [1] "输出数据中的type列说明：" | | [1] "raw：EAF直接等于1000G里的MAF数值，因为效应列是minor allele" | | [1] "corrected：EAF等于1000G中1-MAF，因为效应列是major allele" | | [1] "error：输入数据与1000G里面提供的数据完全不一致，比如这个SNP输入的效应列是C，参照列是G，但是1000G提供的是A-T，这种情况下，EAF会被清空（NA），当成匹配失败" | — Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. You are receiving this because you are subscribed to this thread.Message ID: ***@***.***>

[ymy4984]

您好，非常感谢您的回复。 我又一次运行了代码，这次显示的是： &gt; exposure_gu2 <- get_eaf_from_1000G(rsid_gu, + "G:/public_database/MR/1000G/依赖文件/本地LD依赖文件及MAF文件/", + type = "exposure") |--------------------------------------------------| |==================================================| [1] "一共有604个SNP成功匹配EAF,占比100%" [1] "一共有0个SNP是major allele，EAF被计算为1-MAF,在成功匹配数目中占比0%" [1] "一共有0个SNP在1000G中找不到，占比0%" [1] "一共有0个SNP在输入数据与1000G中效应列与参照列，将剔除eaf，占比0%" [1] "输出数据中的type列说明：" [1] "raw：EAF直接等于1000G里的MAF数值，因为效应列是minor allele" [1] "corrected：EAF等于1000G中1-MAF，因为效应列是major allele" [1] "error：输入数据与1000G里面提供的数据完全不一致，比如这个SNP输入的效应列是C，参照列是G，但是1000G提供的是A-T，这种情况下，EAF会被清空（NA），当成匹配失败" 但是打开文件，eaf是NA 输入的数据如下：

…

------------------&nbsp;原始邮件&nbsp;------------------ 发件人: "HaobinZhou/Get_MR" ***@***.***&gt;; 发送时间:&nbsp;2023年11月21日(星期二) 凌晨0:18 ***@***.***&gt;; ***@***.******@***.***&gt;; 主题:&nbsp;Re: [HaobinZhou/Get_MR] 输入数据需要包含哪些特定列？或者说需要列名保证一种统一格式吗？ (Issue #3) 需要提供运行get_eaf_from_1000G的代码，才能发现问题所在

---- 回复的原邮件 ---- | 发件人 | ***@***.***&gt; | | 日期 | 2023年11月19日 14:19 | | 收件人 | ***@***.***&gt; | | 抄送至 | ***@***.***&gt; | | 主题 | [HaobinZhou/Get_MR] 输入数据需要包含哪些特定列？或者说需要列名保证一种统一格式吗？ (Issue #3) | | 我输入的表格如上，但是运行之后，显示： | | ================================================== | | [1] "一共有0个SNP成功匹配EAF,占比0%" | | [1] "一共有0个SNP是major allele，EAF被计算为1-MAF,在成功匹配数目中占比NaN%" | | [1] "一共有604个SNP在1000G中找不到，占比100%" | | [1] "一共有0个SNP在输入数据与1000G中效应列与参照列，将剔除eaf，占比0%" | | [1] "输出数据中的type列说明：" | | [1] "raw：EAF直接等于1000G里的MAF数值，因为效应列是minor allele" | | [1] "corrected：EAF等于1000G中1-MAF，因为效应列是major allele" | | [1] "error：输入数据与1000G里面提供的数据完全不一致，比如这个SNP输入的效应列是C，参照列是G，但是1000G提供的是A-T，这种情况下，EAF会被清空（NA），当成匹配失败" | — Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. You are receiving this because you are subscribed to this thread.Message ID: ***@***.***&gt; — Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. You are receiving this because you authored the thread.Message ID: ***@***.***&gt;

[HaobinZhou]

输入的数据参考帮助文档，是一个TwoSampleMR::format_data的格式