一些颜色可以更改吗。

[ToshimatsuSayaka]

1.曼哈顿图中超过显著阈值那些点的颜色以及TopSite函数展示的点的颜色可以更改吗。TopSite函数把关注点变成菱形，但是颜色还是红色，和超过显著阈值的点一个颜色很难辨认。如果希望超过显著阈值的点和没超过的一个颜色，只展示TopSite显示的点有办法实现吗。2.如果SNP量非常大的话很难把关注SNP的位置和下面的热图联系起来，请问有函数把连接关注SNP和下面的热图所在的那条绿色的线变色吗。

[hewm2008]

1 TopSite 时 ，此时的颜色是有意思的 可以看到右边的标示，其它点的 颜色表示这一点和top点之间的R^2 /D‘ 所以即没过 显著阈值只要和topsite有强相关 也是红色的。 这儿若加了TopSite时 颜色是不可以改变的 颜色是有意义的

2 若望超过显著阈值的点和没超过的一个颜色要改为同一颜色？,如改为green. 可以把 bin/ShowLDSVG的 1500行
my $cirCor=$ColArrTmp[4]; if ($hashPvalue{$MinSite}>$cutoffGWAS ) { $cirCor=$ColArrTmp[0];}
改为： my $cirCor=“green”; if ($hashPvalue{$MinSite}>$cutoffGWAS ) { $cirCor="“green”;";}

3 连接关注SNP和下面的热图所在的那条绿色的线变色吗 ？
若要改 所有snp 可以加个参数 -LineCol red (默认是green)的，全改为red
若是部分 就是改这儿的代码，加多一个if (指定的部分) { $LineCol=你要的颜色} else {$LineCol=另一颜色 }
1533行和1592行的前面

$svg->line('x1',$ThisXX*$ZoomRatio,'y1',$YY2*$ZoomRatio,'x2',$tempXXA*$ZoomRatio,'y2',$tempYYA*$ZoomRatio,'stroke',$LineCol,'stroke-width',$StrokeWidthV2); 

如加指定第从左到右第5，10个snp： 可以加上

if($key2==5 || $key2==10)  {$LineCol="red";} else  {$LineCol="green";}