Skip to content

about.md

Latest commit

 

History

History
63 lines (43 loc) · 2.96 KB

about.md

File metadata and controls

63 lines (43 loc) · 2.96 KB

Bioinformatics Platform — Project Overview

Vizyon

Server-side biyoinformatik pipeline platformu. Kullanıcılar görsel bir arayüzde pipeline modüllerini birbirine bağlar, iş sunucuya gönderilir, compute maliyeti hesaplanır, sonuç döner. Uzun vadede Galaxy benzeri genel bir platform hedefleniyor; ilk domain HLA/immunogenomics.

Mimari (Hedef)

[Browser UI] → [Orchestrator API] → [Cost Estimator] → [EC2 Spawner] → [Worker Node] → [Results]
  • Orchestrator: Küçük, her zaman ayakta olan sunucu. İş kuyruğu yönetir, EC2 açar/kapatır.
  • Worker: EC2 instance, iş boyutuna göre tip seçilir (t3.medium → c5.4xlarge vs.). İş bitince terminate.
  • Storage: S3 — input/output dosyalar burada. Worker oradan okur, oraya yazar.
  • UI: Görsel pipeline builder. Modüller yapboz parçaları gibi birbirine bağlanır.

İş Modeli

  • Converter, format dönüştürücü, input/output bağlayıcı modüller → ücretsiz
  • Pipeline modülleri → kiralama (abonelik veya kredi bazlı)
  • Compute → ayrıca ücretlendirilir, iş başlamadan önce tahmini maliyet gösterilir (small/medium/large tier)

MVP Kapsamı (Şu An Burada Odaklan)

Tek pipeline, end-to-end çalışsın:

  1. Kullanıcı FASTQ veya BAM yükler (S3'e)
  2. Sistem dosya boyutuna göre compute tier önerir + maliyet gösterir
  3. Kullanıcı onaylar
  4. Orchestrator uygun EC2 instance açar
  5. HLA-HD çalışır
  6. Sonuç (HLA allelleri) kullanıcıya döner, instance kapanır

UI bu aşamada minimal olabilir — basit form, progress bar, sonuç tablosu. Pipeline builder görsel arayüzü MVP sonrası gelir.

Tech Stack (Öneri)

  • Backend: Python, FastAPI
  • Job Queue: Celery + Redis (veya başlangıç için basit PostgreSQL tabanlı)
  • Cloud: AWS (EC2, S3, boto3)
  • Frontend: React (başlangıçta basit, sonra görsel builder eklenecek)
  • HLA Tool: HLA-HD (ana tool), ileride OptiType, xHLA entegrasyonu

Domain Yol Haritası

  1. HLA / Immunogenomics — MVP. HLA tiplendirme, peptid-MHC analizi, hastalık asosiyasyonu.
  2. Proteomics / Yapı Analizi — AlphaFold output downstream analiz.
  3. Variant Calling / Genomics — İleride, rekabet yoğun, öncelik düşük.

Her domain subdomain veya route prefix ile ayrılır (/hla/, /proteomics/). Mimari baştan modüler kurulur.

Bilinen Riskler

  • HLA-HD lisansı akademik kullanım için ücretsiz, ticari kullanım için iletişim gerekiyor — lisans durumunu erken netleştir.
  • EC2 maliyet tahmini input boyutuna göre yapılacak; başlangıçta sabit tier yeterli, sonra gerçek benchmark ile kalibre edilir.
  • Pipeline builder UI karmaşık bir frontend projesi — MVP'ye dahil etme, zaman kaybı.

Feedback Döngüsü (Yakın Vadeli Eylem)

  • Danışman hoca Onur Serçinoğlu ile MVP'yi göster, HLA araştırmacısı perspektifinden pain point doğrula
  • RSG-Turkey üyeleri arasında potansiyel erken kullanıcı bul
  • Tool lisans sorunlarını araştır