resolve_processing_singularity_container/container.def at master · scOpenLab/resolve_processing_singularity_container · GitHub

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bootstrap: docker
From: vanvalenlab/deepcell-applications:0.4.0
%post

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## Prepare the containe with git + python + pip
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# make directory to mount the data
mkdir /data

# install wget, unzip, python3.8 and pip
apt update
apt install -y wget
apt install -y unzip

wget https://bootstrap.pypa.io/get-pip.py
python3.8 get-pip.py
rm get-pip.py

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## Install ROIfile and imagecodecs
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pip3.8 install roifile==2022.3.18
pip3.8 install imagecodecs==2022.9.26

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## Install Cellpose
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# Get cellpose models
wget --save-cookies cookies.txt 'https://docs.google.com/uc?export=download&id=1zHGFYCqRCTwTPwgEUMNZu0EhQy2zaovg' -O- | sed -rn 's/.*confirm=([0-9A-Za-z_]+).*/\1/p' > confirm.txt
wget --load-cookies cookies.txt -O models.zip 'https://docs.google.com/uc?export=download&id=1zHGFYCqRCTwTPwgEUMNZu0EhQy2zaovg&confirm='$(<confirm.txt)

mkdir -p /root/.cellpose/models
tar -cvzf models.zip /root/.cellpose/models
rm confirm.txt cookies.txt models.zip

# install Cellpose
pip3.8 install cellpose==2.0.5

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## Get kras models for Mesmer
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mkdir /keras_models
wget https://deepcell-data.s3-us-west-1.amazonaws.com/saved-models/MultiplexSegmentation-9.tar.gz
tar -xf MultiplexSegmentation-9.tar.gz
mv MultiplexSegmentation /keras_models/
rm MultiplexSegmentation-9.tar.gz

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## Install MindaGap
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wget https://github.com/ViriatoII/MindaGap/archive/refs/heads/main.zip
unzip main.zip
mv MindaGap-main/ /MindaGap
rm main.zip