resolve_processing_singularity_container/gpu_recipe.def at master · scOpenLab/resolve_processing_singularity_container · GitHub

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bootstrap: docker
From: vanvalenlab/deepcell-applications:0.4.0-gpu
%post

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## Prepare the container with git + python + pip
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# make directory to mount the data
mkdir /data

# install wget, unzip, python3.11 and pip
apt update
apt install -y wget
apt install -y unzip

add-apt-repository ppa:deadsnakes/ppa
apt install -y python3.10

wget https://bootstrap.pypa.io/get-pip.py
python3.10 get-pip.py
rm get-pip.py

pip3.10 install -U setuptools

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## Install ROIfile and imagecodecs
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pip3.10 install roifile
pip3.10 install imagecodecs

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## Install Cellpose
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# Get cellpose models
wget --save-cookies cookies.txt \
    'https://docs.google.com/uc?export=download&id=1zHGFYCqRCTwTPwgEUMNZu0EhQy2zaovg' -O- \
    | sed -rn 's/.*confirm=([0-9A-Za-z_]+).*/\1/p' > confirm.txt
wget --load-cookies cookies.txt -O \
    models.zip 'https://docs.google.com/uc?export=download&id=1zHGFYCqRCTwTPwgEUMNZu0EhQy2zaovg&confirm='$(<confirm.txt)

mkdir -p /root/.cellpose/models
tar -cvzf models.zip /root/.cellpose/models
rm confirm.txt cookies.txt models.zip

# install Cellpose
pip3.10 install cellpose

# install scikit-image
pip3.10 install scikit-image

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## Get kras models for Mesmer
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mkdir /keras_models
wget https://deepcell-data.s3-us-west-1.amazonaws.com/saved-models/MultiplexSegmentation-9.tar.gz
tar -xf MultiplexSegmentation-9.tar.gz
mv MultiplexSegmentation /keras_models/
rm MultiplexSegmentation-9.tar.gz

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## Install MindaGap
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pip3.10 install rich
pip3.10 install matplotlib
pip3.10 install pandas
wget https://github.com/ViriatoII/MindaGap/archive/refs/heads/main.zip
unzip main.zip
mv MindaGap-main/ /MindaGap
rm main.zip