Conversation
…nd data_processing_scripts folder
| from Bio.SeqUtils import gc_fraction | ||
|
|
||
|
|
||
| def filter_fastq(input_path: str, output_filename: str = None, gc_bounds=(0, 100), length_bounds=(0, 2 ** 32), quality_threshold=0): |
| output_path = output_filename | ||
| SeqIO.write(filtered_seqs, output_path, "fastq") | ||
|
|
||
| class BiologicalSequence(ABC): |
There was a problem hiding this comment.
тут все методы должны были быть абстрактными, в этом и смысл абстрактного класса, он ничего не делает, просто задает структуру, (-2)
| def __init__(self, sequence): | ||
| super().__init__(sequence) | ||
|
|
||
| def transcribe(self): |
There was a problem hiding this comment.
тут же уже RNASequence должен возвращаться
| ALPHABET = set("AUGCaugc") | ||
|
|
||
|
|
||
| class AminoAcidSequence(BiologicalSequence): |
There was a problem hiding this comment.
По идее тут все ок, ошибка из твоего ноутбука у меня не воспроизвелась. Напиши мне, плиз, давай разберемся)
Вообще ошибка связана с тем, что где-то ты пыталась создать экземпляр абстрактного класса BiologicalSequence. Но не можешь, и это правильно, так не должно быть, если ты запустишь
class SomeAbstractClass(ABC):
def __init__():
pass
@abstractclass
def some_abs_method():
pass
SomeAbstractClass()
то оно упадет с такой же ошибкой. Как я вижу по коду, ты обращаешься только через super().__init__(sequence), но так как раз ты можешь обойти. В общем, напиши, давай попробуем воспроизвести и разберемся:)
2 participants
No description provided.