Les organismes planctoniques
Le plancton est défini comme étant l’ensemble des particules vivantes, dont les virus, se trouvant en suspension dans la masse d’eau et n’ayant pas un pouvoir locomoteur suffisant que pour contrer les courants [@Mollo2013; @Wurtz2010]. Il apparaît intuitivement que ce terme inclut un grand nombre d’organismes différents allant des virus et bactéries aux métazoaires. Des systèmes de classifications précis ont donc dû être mis au point.
Les organismes planctoniques sont à la base de la chaine trophique en milieu marin. Etudier la diversité est la première étape à la compréhension de la complixité du milieu aquatique.
Les organismes planctoniques sont échantillonsé via différentes méthodes comme les traits de plancton verticaux et horizontaux. Les échantillons sont par la suite stockés avec une solution à base de formol.
Anciennement, les échantillons étaient analysés par des spécialistes. Ils identifiaient et dénombraient les individus présents dans chaque échantillon. Des outils de classifications automatiques ont été mis au point afin de faciliter l’identification et le dénombrement des individus. De plus, le temps d’analyse est plus court qu’une identification manuelle.
Les échantillons sont premièrement numérisés. Chaque image est découpée en une série de vignettes sur lesquelles une série de variables sont mesurées. Toutes ces variables sont consignées dans le tableau de données mis à votre disposition.
Nous attendons un rapport individuel sous le format d'un notebook d'analyse. Il ne s'agit pas d'un rapport scientifique conventionnel qui comprend les parties que vous connaissez bien (introduction, matériels & méthodes, but, ....).
Un notebook d'analyse doit être envisagé comme un carnet de laboratoire. Lors d'une expérience, tout est consigné dans le carnet de laboratoire.
Votre rapport doit respecter la logique suivante :
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But : Quelle est la question que vous vous posez ? Cette information se trouve dans la section ci-dessus.
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Introduction : une introduction axée sur la biologie et l'écologie de l'arbre que vous étudiez (ajouter une photo de cette espèce est un plus).
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Analyse : Cette section doit montrer l'évoluton de votre analyse des données. Chaque graphiqe ou chaque modèle doit être commenté dans le texte en dessous de ce dernier.
Durant les prochains cours, vous serez amené à réaliser plusieurs modèles et graphiques sur ces données, il vous suffira de faire une nouvelle partie dans votre analyse afin d'y répeter la même stratégie d'analyse.
Le notebook d'analyse à la particularité de ne rien cacher à l'inverse d'un rapport scientifique où l'on ne va garder que la meilleure analyse.
Les données sont mises à votre disposition au sein du dépôt dans le dossier data
Durant les prochains cours, les outils vous seront présenté. Utilisez ces outils sur vos données
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Analyse discriminante linéaire (ADL)
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K plus proches voisins
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Apprentissage par quantification vectorielle
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Random forest
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Machine à vecteurs supports
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Réseaux de neurones