LesGrimpeurs

Projet BARstar de DA SILVA OPHELIE et MERCKAERT PIERRE

Synopsis

Une étude de dynamique moléculaire du complexe barstar-barnase a montré l'importance de deux résidus clés appartenant à l'interface de la barstar dans l'interaction avec la barnase (Kimura et al, Biophysical Journal, 2001). Ces deux résidus subissent un changement conformationnel lors de l'interaction de la barstar avec la barnase et jouent un rôle clé dans cette interaction. Dans ce projet, nous avons réalisé une dynamique moléculaire de la barstar afin d'étudier en fonction des conformations la stabilité de la structure et les changements conformationnels subis. En particulier, on s'intéresse aux changements conformationnels globaux (compaction, dépliement,mouvements de boucles de grande amplitude, mouvements allostériques...) et locaux (petits mouvements de boucles, mouvements de chaîne latérales...).

Exécution

 python2 main_Barstar.py <fichier.pdb de référence> <fichier.pdb des différentes conformations> <méthode de calcul du centre de masse des résidus : "CA" ou "all">

Le programme s'exécute sous Python2.7

Exemple de Code

Utilisez main_Barstar.py pour obtenir toutes les informations pertinentes quant aux changements conformationnels de votre protéine d'intérêt par rapport à sa référence.

# Exécution du programme sur la barstar comme référence et 200 de ses conformations en solution, en considérant le barycentre des atomes des résidus comme le centre de masse des résidus.
	python2 main_Barstar.py start_prot_only.pdb md_prot_only_skip100.pdb all

# Parsing des fichiers .pdb en arguments sous forme de dictionnaires
	barstar_conf= __parsePDBM(barstar_conf.pdb)
	barstar_ref = __parsePDBM(barstar_ref.pdb)

# Calcul des paramètres permettant l'analyse des changements conformationnels vis-à-vis de la référence 
# et ajout de ces valeurs dans le dictionnaire avec des clés pertinentes.
	l_dict=[barstar_conf, barstar_ref]

	# Calcul du centre de masse des résidus et de chaque conformation
	centreMasseCalc(l_dict)	

	# Calcul du RMSD des residus de chaque conformation par rapport à la référence			
	RMSD(l_dict)	

	# Calcul de la distance entre les résidus et le CdM pour chaque conformation			
	distance(l_dict)

	# Calcul du Rayon de Giration pour chaque conformation				
	rayonGiration(l_dict)
					
	# Calcul de la corrélation entre le Rayon de Giration (Enfouissement) et la Flexibilité (RMSD) pour chaque conformation
	corEnfouissementFlexibilite_conf(l_dict)
	
# Ecriture des resultats dans les tableaux excel de sortie et enregistrement dans les dossiers correspondants.
	ecriture(l_dict,type_analyse)
	
# Représentation Graphique des données et enregistrement des images.
	plot(l_dict) 

API

Le projet est composé de plusieurs fichiers correspondants aux fonctions du programme :

• Parsing_dico : Vérification du bon usage du programme et Parsing des fichiers pdb en argument.
• Conformation_analysis : Calcul des paramètres permettant l'analyse des fichiers pdb.
• Ecriture : Ecriture des fichiers excel de sortie et création du dossier dans lequel ils seront enregistrés.
• Graphes : Représentations graphiques pertinentes des parametres calculés.

License

Le projet BARSTAR du binôme LesGrimpeurs est open-source