Conversation
| from Bio import SeqUtils | ||
|
|
||
|
|
||
| class BiologicalSequence(ABC, str): |
There was a problem hiding this comment.
я здесь хотел сперва написать что на самом деле наследование от строки это дискуссионный вопрос)))
но обсудил с другими преподавателями и - да, по возможности лучше избегать наследования от built-in типов: оочень сложно придумать ситуацию, где издержки подтягивания всех методов (например) строки были бы оправданы.
...но если очень захочется, то наследуйтесь от collections.UserString - там этих издержек будет несколько поменьше.
| # а переделать уже не успеваю | ||
| def check_alphabet(self): | ||
| if set(self.seq) <= self.alphabet: | ||
| raise UnexpectedSymbolInSeqError |
There was a problem hiding this comment.
здесь сравнение не в ту сторону
у вас "если set, составленный из символов self.seq, является подмножеством множества self.alphabet", выбрасывается исключение
| 'g', 'F', 'S', 'e', 'l', 'U', 'P', 'Q', 'K', 'Y', 'u', 'y', 'd', 'h', 'k', 'r', 't', 'G', 'o', 'E', | ||
| 'p', 'T', 'C', 'a'} | ||
| masses = {'A': 71.08, 'R': 156.2, 'N': 114.1, 'D': 115.1, 'C': 103.1, 'E': 129.1, 'Q': 128.1, 'G': 57.05, 'H': 137.1, | ||
| 'I': 113.2, 'L': 113.2, 'K': 128.2, 'M': 131.2, 'F': 147.2, 'P': 97.12, 'S': 87.08, 'T': 101.1, |
There was a problem hiding this comment.
здорово, что сделали эти таблицы классовыми
|
|
||
| def __init__(self, seq): | ||
| super().__init__(seq) | ||
| self.seq = seq |
There was a problem hiding this comment.
self.seq = seq стоит убрать - это поле уже унаследовано (и инициализировано в конструкторе родительского класса), здесь происходит только переприсваивание
| m = 0 | ||
| for acid in str(self.seq): | ||
| m += self.masses[acid] | ||
| return m |
There was a problem hiding this comment.
лучше сократить до
return sum(self.masses[acid] for acid in self.seq)| class NucleicAcidSequence(BiologicalSequence): | ||
| def __init__(self, seq): | ||
| super().__init__(seq) | ||
| self.check_alphabet() |
There was a problem hiding this comment.
круто, что в конструкторе проверяйте алфавит сразу!
| """ | ||
| n = 0 | ||
| for nucl in self.seq: | ||
| if nucl == 'c' or nucl == 'g' or nucl == 'C' or nucl == 'G': |
There was a problem hiding this comment.
здесь просится if nucl in "cgCG"
можно впринципе сократить функцию до
return 100 * sum(nucl in "cgCG" for nucl in self.seq) / len(self.seq)| """ | ||
| complementary_dna = self.seq.maketrans(self.dict_comp) | ||
| res = self.seq.translate(complementary_dna) | ||
| return NucleicAcidSequence(res) |
There was a problem hiding this comment.
метод complement наследуется классами {DNA,RNA}Sequence
и этот метод должен возвращать не NucleicAcidSequence, но объект того же класса, у которого он был вызван,
т.е. должно быть так:
>>> type(DNASequence("ACGT").complement())
<class '__main__.DNASequence'>| return RNASequence(res) | ||
|
|
||
|
|
||
| class RNASequence(BiologicalSequence): |
There was a problem hiding this comment.
RNA- и DNASequence должны наследовать от NucleicAcidSequence - у них общий метод complement.
| This function provides you the opportunity to filter the FASTQ file to select sequences | ||
| that fit requirements on 5 parameters: input and output(optional) files, length, GC composition, | ||
| and quality of the reed | ||
| :parameters |
There was a problem hiding this comment.
здесь всё ок
но вообще более эффективно было бы проходить по ридам 1 раз (а не 3), и для каждого из ридов по очереди все фильтры
2 participants
Modified tool_for_bioinformatics by using classes