Conversation
uzunmasha
left a comment
uzunmasha
left a comment
There was a problem hiding this comment.
Привет! Хороший код! Структурированный и хорошо читаемый
Есть только пара косметических комментариев
| if min(record.letter_annotations["phred_quality"]) < self.min_quality: | ||
| return False | ||
|
|
||
| gc_content = gc_fraction(record.seq) |
There was a problem hiding this comment.
gc_content = GC(record.seq)
Для подсчета гц-состава можно использовать такой подход. Импортируется через from Bio.SeqUtils import GC
|
|
||
|
|
||
| class NucleicAcidSequence(BiologicalSequence): | ||
| complement_dict = {"A": "", "T": "", "G": "", "C": ""} |
There was a problem hiding this comment.
Не очень поняла зачем здесь эта строка. Кажется, что она определяет словарь, который фактически не используется в классе NucleicAcidSequence, так как метод complement() использует словарь, определенный в дочерних классах DNASequence и RNASequence. Но лучше, конечно, чтобы в этом классе все определялось, а не в наследуемых.
| return self.sequence | ||
|
|
||
| def check_alphabet(self): | ||
| valid_alphabet = set("ATGC") |
There was a problem hiding this comment.
Вижу проверку на ДНК и на аминокислоты ниже, круто! Но не вижу на РНК, лучше ее тоже добавить
| return self.__class__(sequence) | ||
|
|
||
| def gc_content(self): | ||
| gc_count = sum(base in "GCgc" for base in self.sequence) |
There was a problem hiding this comment.
Круто, что проверяется регистр! Можно для проверки алфавита тоже такое добавить
| def __str__(self): | ||
| return self.sequence | ||
|
|
||
| def check_alphabet(self): |
There was a problem hiding this comment.
Можно еще прописать вывод ошибок, если подаются символы, отличные от ДНК/РНК/аминокислот, без них у меня работает вообще с любой последовательностью.
|
|
||
| def filter_fastq(self): | ||
| with open(self.output_file, "w") as output_handle: | ||
| for record in SeqIO.parse(self.input_file, "fastq"): |
There was a problem hiding this comment.
тут можно было бы добавить тест на существование файла с последовательностью, который берется на вход, если его нет, то можно выводить ошибку о его отсутствии
There was a problem hiding this comment.
| for record in SeqIO.parse(self.input_file, "fastq"): | |
| for record in SeqIO.parse(self.input_file, "fastq"): | |
| if not self.input_file(): | |
| raise FileNotFoundError(f"Файл '{self.input_file}' не найден!") |
| self.min_length = min_length | ||
| self.min_quality = min_quality | ||
| self.min_gc = min_gc | ||
| self.max_gc = max_gc |
There was a problem hiding this comment.
все логично и понятно, что приходит на вход, хорошо, что прописаны автоматические минимальные значения
|
|
||
|
|
||
| class NucleicAcidSequence(BiologicalSequence): | ||
| complement_dict = {"A": "", "T": "", "G": "", "C": ""} |
There was a problem hiding this comment.
не совсем понятно для чего этот словарь, если я правильно понимаю, он дальше меняется, но вероятно, тогда стоит задать пустой словарь
|
|
||
| def check_alphabet(self): | ||
| valid_alphabet = set("ATGC") | ||
| return set(self.sequence) <= valid_alphabet |
There was a problem hiding this comment.
хорошая проверка, на всякий случай можно добавить в сет значения с нижним регистром, или добавить при вводе последовательности перевод все в верхний регистр
|
|
||
|
|
||
| class DNASequence(NucleicAcidSequence): | ||
| complement_dict = {"A": "T", "T": "A", "G": "C", "C": "G"} |
There was a problem hiding this comment.
Вероятно этот комментарий супер вкусовщина. Более приятно читается словарь, когда он построчный. Но это сугубо вкусовщина
| complement_dict = {"A": "T", "T": "A", "G": "C", "C": "G"} | |
| complement_dict = {"A": "T", | |
| "T": "A", | |
| "G": "C", | |
| "C": "G"} |
There was a problem hiding this comment.
следующие словарики я бы также подпарвил
| complement_dict = {"A": "U", "U": "A", "G": "C", "C": "G"} | ||
|
|
||
| def codons(self): | ||
| return [self.sequence[i : i + 3] for i in range(0, len(self.sequence), 3)] |
There was a problem hiding this comment.
Может оказаться так, что последовательность не кратна 3, поэтому на такой случай стоит что-то придумать, например показывать пользователю ошибку
| return [self.sequence[i : i + 3] for i in range(0, len(self.sequence), 3)] | |
| if len(self.sequence) % 3 != 0: | |
| raise ValueError("Sequence length is not a multiple of 3") | |
| else: | |
| return [self.sequence[i : i + 3] for i in range(0, len(self.sequence), 3)] |
| "V": 117.15, | ||
| "W": 204.23, | ||
| "Y": 181.19, | ||
| } |
There was a problem hiding this comment.
очень красивый словарик, легко читаемый
| "W": 204.23, | ||
| "Y": 181.19, | ||
| } | ||
| return sum(molecular_weights[aa] for aa in self.sequence) |
There was a problem hiding this comment.
Это очень хорошая работа, она структурно логичная, приятно читается, нет лишних переменных и функций, что радует. Если добавить аннотации, то к работе будет самой идеальной, но она уже на высоте
3 participants
Review RHNO1