docs: add architecture audit scorecard and refactoring roadmap

[SatoryKono]

Motivation

• Зафиксировать текущую архитектурную картину проекта, измерить состояние по ключевым категориям и дать обоснованный приоритет рефакторингов.
• Подготовить воспроизводимый план уменьшения технического долга и набор метрик/критериев приёмки для защитных тестов и CI.

Description

• Добавлен подробный отчет docs/reports/architecture-refactoring-audit-2026-03-04.md с executive summary, проверками и логом верификации.
• В отчете содержится 10-компонентная scorecard (веса, оценки 1–10, взвешенные баллы) и подсчитанный интегральный балл проекта 7.85 / 10.
• Приведён анализ соблюдения слоёв (Hexagonal / DDD), выявленные проблемные зоны (hotspots, большие фабрики, split namespace domain/config vs domain/configs, broad catches в CLI) и evidence index с указанием файлов.
• Сформирован приоритизированный план рефакторинга (6 шагов) с целью, конкретными модульными правками, рисками/минимизациями и критериями «готово», а также набор рекомендуемых метрик для anti-regression контроля и прогноз влияния на интегральный балл.

Testing

• Выполнены архитектурные тесты командой uv run python -m pytest tests/architecture/ -q, тесты прошли с ожидаемыми пропусками (skips) и без регрессий в контрактных проверках.
• Прогнал uv run python -m mypy --strict src/bioetl/, mypy вернул Success: no issues found.
• Pre-commit hooks были выполнены при подготовке артефакта: автоматические правки форматирования (trim trailing whitespace, mdformat) были применены, а запуск pip-audit в окружении отсутствовал и был пропущен (окружение CI может требовать установки pip-audit).

---

Codex Task

[SatoryKono]

Closing: duplicate architecture audit branch. Content superseded by main.