Lichens GO

Lichens GO est un projet visant à étudier et comprendre l'écologie des lichens à travers l'analyse et la visualisation de données. En exploitant divers ensembles de données, le projet cherche à fournir des informations sur les facteurs environnementaux affectant les espèces de lichens et leur distribution.

Ce repo a pour objectif de créer un tableau de bord interactif permettant de visualiser et d'analyser les données écologiques des lichens. La version déployée est disponible ici : https://saisie.lichensgo.eu/resultsLG

Architecture technique

Le dashboard est organisé autour de plusieurs composants :

• Interface utilisateur : Construite avec Dash pour permettre aux utilisateurs de :

  • Sélectionner des zones géographiques d'intérêt
  • Filtrer les données par période et type de lichen
  • Interagir avec les visualisations en temps réel

• Visualisation des données : Implémentée avec Plotly pour :

  • Afficher la distribution spatiale des lichens sur une carte interactive
  • Générer différents graphiques de distribution des lichens

• Géolocalisation : Utilisation de GeoPy pour :

  • Retrouver l'adresse de l'observation sélectionnée par l'utilisateur

• Backend : Intégration avec Django via DjangoDash pour :

  • Gérer les sessions utilisateurs et les droits d'accès
  • Stocker les préférences et les filtres des utilisateurs
  • Assurer la communication avec la base de données

Guide de contribution

Important :

• Le backend Django est géré dans un dépôt privé séparé
• Les données de production sont hébergées sur un serveur dédié
• La version actuelle du repository repose sur un dump de la base de données Contactez mandresyandri ou benoitfrisque pour obtenir les identifiants de connexion à la base de données (.env)

Prérequis

Installation de Poetry

Poetry est notre gestionnaire de dépendances. Voici les deux méthodes d'installation recommandées :

1. Via pipx (méthode recommandée)

# Installation de pipx sous Ubuntu 23.04+
sudo apt update
sudo apt install pipx
pipx ensurepath

# Installation de Poetry
pipx install poetry

2. Via l'installateur officiel

Consultez la documentation officielle pour les instructions détaillées.

Configuration de l'environnement

1. Création de l'environnement virtuel

python3 -m venv .venv
source .venv/bin/activate

2. Gestion des dépendances avec Poetry

# Installation des dépendances
poetry install

# Ajout d'une dépendance
poetry add <package>

# Mise à jour des dépendances
poetry update

Outils de développement

Tests et qualité du code

# Exécution des pre-commit hooks
pre-commit run --all-files

# Exécution des tests avec Tox
tox -vv

Accès aux données

Configuration de la base de données

Prérequis :

poetry add sqlalchemy psycopg2-binary python-dotenv

Utilisation du module de données

import my_data.datasets as df

# Exemple d'utilisation
lichen_ecology = df.get_lichen_ecology()

Jeux de données disponibles

• get_environment_data
• get_lichen_data
• get_lichen_species_data
• get_observation_data
• get_table_data
• get_tree_data
• get_tree_species
• get_lichen_ecology

Exemple de sortie

# Aperçu des données d'écologie des lichens
lichen_ecology.head()

Exécution du Dashboard

Pour lancer le dashboard en local, suivez les étapes ci-dessous :

1. Activez votre environnement virtuel :

   source .venv/bin/activate

2. Exécutez le script principal :

   # Pour le dashboard
   python -m dashboard.plotly_app
   
   # Pour le tableau de téléchargement des données
   python -m dashboard_plotly_app_download

3. Ouvrez votre navigateur et accédez à http://localhost:8050 pour consulter le dashboard.