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fix(darwincore): corrige exportação CSV e associações do modelo #371

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fix(darwincore): corrige exportação CSV e associações do modelo #371

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105 changes: 64 additions & 41 deletions src/controllers/darwincore-controller.js
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Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -19,6 +19,7 @@ const {
Subfamilia,
Autor,
Coletor,
ColetorComplementar,
Variedade,
Subespecie,
ColecaoAnexa,
Expand Down Expand Up @@ -47,6 +48,21 @@ function obtemNomeArquivoCsv() {
return `hcf_${data}.csv`;
}

function csvEscape(valor) {
if (valor === null || valor === undefined) {
return '';
}
const str = String(valor);
if (str.includes(',') || str.includes('"') || str.includes('\n') || str.includes('\r')) {
return `"${str.replace(/"/g, '""')}"`;
}
return str;
}

function csvLinha(campos) {
return campos.map(csvEscape).join(',');
}

const obterModeloDarwinCoreLotes = async (limit, offset, request, response) => {
const entidadeTombo = await Tombo.findAll({
limit,
Expand Down Expand Up @@ -87,6 +103,7 @@ const obterModeloDarwinCoreLotes = async (limit, offset, request, response) => {
'relevo_id',
'solo_id',
'coletor_id',
'cidade_id',
],
include: [
{
Expand Down Expand Up @@ -177,6 +194,10 @@ const obterModeloDarwinCoreLotes = async (limit, offset, request, response) => {
{
model: Coletor,
},
{
model: ColetorComplementar,
as: 'coletor_complementar',
},
{
model: Genero,
},
Expand Down Expand Up @@ -210,8 +231,7 @@ const obterModeloDarwinCoreLotes = async (limit, offset, request, response) => {
const paisCodigo = tombo?.cidade?.estado?.paise?.sigla ?? '';
const paranaNome = tombo?.cidade?.estado?.nome ?? '';
const cidadeNome = tombo?.cidade?.nome ?? '';
const vegetacao
= tombo.locais_coletum && tombo.locais_coletum.vegetacao ? tombo.locais_coletum.vegetacao.nome : '';
const vegetacao = tombo.vegetaco ? tombo.vegetaco.nome : '';
const familiaNome = tombo.familia ? tombo.familia.nome : '';
const generoNome = tombo.genero ? tombo.genero.nome : '';
const especieNome = tombo.especy ? tombo.especy.nome : '';
Expand All @@ -223,17 +243,20 @@ const obterModeloDarwinCoreLotes = async (limit, offset, request, response) => {
if (tombo.variedade) {
menorNomeCientifico = tombo.variedade.nome;
}
if (tombo.especy && tombo.especy.autore) {
autores = tombo.especy.autore.nome;
if (tombo.especy && tombo.especy.autor) {
autores = tombo.especy.autor.nome;
}
if (tombo.sub_especy && tombo.sub_especy.autore) {
autores += `| ${tombo.sub_especy.autore.nome}`;
if (tombo.sub_especy && tombo.sub_especy.autor) {
autores += `| ${tombo.sub_especy.autor.nome}`;
}
if (tombo.variedade && tombo.variedade.autore) {
autores += `| ${tombo.variedade.autore.nome}`;
if (tombo.variedade && tombo.variedade.autor) {
autores += `| ${tombo.variedade.autor.nome}`;
}
if (tombo.coletores && tombo.coletores.length > 0) {
coletores = tombo.coletores.map(coletor => padronizarNomeDarwincore(coletor.nome)).join(' | ');
if (tombo.coletore) {
coletores = padronizarNomeDarwincore(tombo.coletore.nome);
if (tombo.coletor_complementar?.complementares) {
coletores += ` | ${tombo.coletor_complementar.complementares}`;
}
}
if (tombo.data_coleta_ano) {
dataColeta = tombo.data_coleta_ano;
Expand Down Expand Up @@ -281,41 +304,43 @@ const obterModeloDarwinCoreLotes = async (limit, offset, request, response) => {
tombo.tombos_fotos.forEach(foto => {
const dataAtualizacao = format(tombo.updated_at, 'yyyy-MM-dd');

let linha = [
`PreservedSpecimen\tColecao\tpt\t${dataAtualizacao}\t02.032.297/0005-26\t`,
'UTFPR\tHerbario da Universidade Tecnologica Federal do Parana – Campus Campo Mourao – HCF\t',
`${license}\tUTFPR\t{"barcode":${foto.codigo_barra}}\tBr:UTFPR:HCF:${tombo.hcf.toString()}`,
`${foto.id.toString()}\t${tombo.hcf.toString()}${foto.id.toString()}\t${coletores}\t`,
`${tombo.numero_coleta}\t\t${tombo.observacao}\t${dataColeta}\t`,
`${tombo.data_coleta_ano}\t${tombo.data_coleta_mes}\t${tombo.data_coleta_dia}\t`,
`${vegetacao}\t${'América do Sul'}\t${paisNome}\t${paisCodigo}\t${paranaNome}\t`,
`${cidadeNome}\t${tombo.altitude}\t${tombo.altitude}\t\t\t${tombo.latitude}\t`,
`${tombo.longitude}\t${'WGS84'}\t${'GPS'}\t${'Plantae'}\t${familiaNome}\t${generoNome}\t`,
`${especieNome}\t${menorNomeCientifico}\t${tombo.nome_cientifico}\t${autores}\t${tombo.taxon}`,
`\t${tombo.nomes_populares}\t\t${nomeTipo}\t${nomeIdentificador}\t${dataIdentificacao}`,
`\t${identificationQualifier}`,
].join('');
const campos = [
'PreservedSpecimen', 'Colecao', 'pt', dataAtualizacao, '02.032.297/0005-26',
'UTFPR', 'Herbario da Universidade Tecnologica Federal do Parana – Campus Campo Mourao – HCF',
license, 'UTFPR', `{"barcode":"${foto.codigo_barra}"}`, `Br:UTFPR:HCF:${tombo.hcf}`,
tombo.hcf, coletores,
tombo.numero_coleta, '', tombo.observacao, dataColeta,
tombo.data_coleta_ano, tombo.data_coleta_mes, tombo.data_coleta_dia,
vegetacao, 'América do Sul', paisNome, paisCodigo, paranaNome,
cidadeNome, tombo.altitude, tombo.altitude, '', '', tombo.latitude,
tombo.longitude, 'WGS84', 'GPS', 'Plantae', familiaNome, generoNome,
especieNome, menorNomeCientifico, tombo.nome_cientifico, autores, tombo.taxon,
tombo.nomes_populares, '', nomeTipo, nomeIdentificador, dataIdentificacao,
identificationQualifier,
];
let linha = csvLinha(campos);
linha = linha.replace(/(null|undefined)/g, '');

linhasProcessadas.push(`${linha.replace(/[\r\n]/g, '')}\n`);
});
} else {
const dataAtualizacao = format(tombo.updated_at, 'yyyy-MM-dd');

let linha = [
`PreservedSpecimen\tColecao\tpt\t${dataAtualizacao}\t02.032.297/0005-26\t`,
'UTFPR\tHerbario da Universidade Tecnologica Federal do Parana – Campus Campo Mourao – HCF\t',
`${license}\tUTFPR\t{"barcode":}\tBr:UTFPR:HCF:${tombo.hcf.toString()}`,
`\t${tombo.hcf.toString()}\t${coletores}\t`,
`${tombo.numero_coleta}\t\t${tombo.observacao}\t${dataColeta}\t`,
`${tombo.data_coleta_ano}\t${tombo.data_coleta_mes}\t${tombo.data_coleta_dia}\t`,
`${vegetacao}\t${'América do Sul'}\t${paisNome}\t${paisCodigo}\t${paranaNome}\t`,
`${cidadeNome}\t${tombo.altitude}\t${tombo.altitude}\t\t\t${tombo.latitude}\t`,
`${tombo.longitude}\t${'WGS84'}\t${'GPS'}\t${'Plantae'}\t${familiaNome}\t${generoNome}\t`,
`${especieNome}\t${menorNomeCientifico}\t${tombo.nome_cientifico}\t${autores}\t${tombo.taxon}`,
`\t${tombo.nomes_populares}\t\t${nomeTipo}\t${nomeIdentificador}\t${dataIdentificacao}`,
`\t${identificationQualifier}`,
].join('');
const campos = [
'PreservedSpecimen', 'Colecao', 'pt', dataAtualizacao, '02.032.297/0005-26',
'UTFPR', 'Herbario da Universidade Tecnologica Federal do Parana – Campus Campo Mourao – HCF',
license, 'UTFPR', '{"barcode":""}', `Br:UTFPR:HCF:${tombo.hcf}`,
tombo.hcf, coletores,
tombo.numero_coleta, '', tombo.observacao, dataColeta,
tombo.data_coleta_ano, tombo.data_coleta_mes, tombo.data_coleta_dia,
vegetacao, 'América do Sul', paisNome, paisCodigo, paranaNome,
cidadeNome, tombo.altitude, tombo.altitude, '', '', tombo.latitude,
tombo.longitude, 'WGS84', 'GPS', 'Plantae', familiaNome, generoNome,
especieNome, menorNomeCientifico, tombo.nome_cientifico, autores, tombo.taxon,
tombo.nomes_populares, '', nomeTipo, nomeIdentificador, dataIdentificacao,
identificationQualifier,
];
let linha = csvLinha(campos);

linha = linha.replace(/null|undefined/g, '');

Expand All @@ -330,9 +355,7 @@ export const obterModeloDarwinCore = async (request, response, next) => {

const limit = request.query.limit > 1000 ? 1000 : request.query.limit || 1000;

const quantidadeTombos = await Tombo.count(
{ distinct: true },
);
const quantidadeTombos = await Tombo.count({ col: 'hcf' });

const cabecalho = colunasComoLinhaUnica();

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2 changes: 1 addition & 1 deletion src/resources/darwincore/cabecalho.js
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Expand Up @@ -52,5 +52,5 @@ const colunas = [
export default colunas;

export function colunasComoLinhaUnica() {
return `${colunas.join('\t')}\n`;
return `${colunas.join(',')}\n`;
}
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